1957年,为响应国家在大兴安岭林区“以煤代木”的号召,一批热血青年来到这片尚未开垦的土地,肩挑、镐刨,仅用一年时间就建起了五九煤矿第一座矿井 — 上十六号井,1958年,矿井投产。
1980年末,五九煤矿先后建起六对生产矿井,一座自备发电厂,一条与国铁接轨的7.3公里自备铁路专用线。1988年,由呼伦贝尔盟属煤矿下放至牙克石市管辖。
1994年,五九煤矿迎来历史上第一次重大体制改革,成立内蒙古牙克石五九煤炭实业有限责任公司。至此,企业走上了自主经营、自负盈亏、自我发展之路,融入了市场经济的洪流。
1995年,呼伦贝尔盟行政公署决定由五九煤炭实业有限责任公司代管免渡河煤矿。
2003年,组建五九煤炭(集团)有限责任公司
2005年11月12日,牙星公司90万吨矿井改扩建工程开工建设。
2006年,牙克石市人民政府转让股权,由新大洲控股股份有限公司重组五九煤炭集团。至此,由地方国有煤矿转制为非公有制企业。
2009年4月10日,集团公司第一座机械化高产、高效综采矿井——牙星公司90万吨矿井改扩建工程竣工投产,成为五九煤炭集团发展史上重要里程碑。
2012年由山东能源枣矿集团受让49%股权共同进入管理,五九集团正式开启民营控股、国有参股的混合所有制企业发展新路。
2013年3月,集团公司投入资金11亿元,开工建设现代化生产矿井——胜利煤矿。
2016年9月,胜利煤矿竣工投产,设计年生产能力120万吨,服务年限65年。2021年,胜利煤矿经自治区能源局批复年生产能力核增至150万吨。为企业的后续发展提供了资源保障。
2019年、2020年,胜利煤矿、牙星煤矿绿色矿山建设相继通过自治区验收,为五九矿区可持续发展打下了坚实基础。